水溶肥不但配方多樣而且使用方法十分靈活，一般有三種：

1、滴灌、噴灌和無土栽培

在一些沙漠地區或者極度缺水的地方，以及規模化種植的大農場，以及高品質高附加值經濟作物種植園，人們往往用滴灌、噴灌和無土栽培技術來節約灌溉水并提高勞動生產效率。這叫做“水肥一體化”，即在灌溉的時候，肥料已經溶解在水中，澆水的同時也是施肥的過程。這時植物所需要的營養可以通過水溶性肥料來獲得，即節約了用水，節省了肥料，又節省了勞動力。 即水溶性肥料#####的優點——節水、省肥、省工。

2、土壤澆灌

通過土壤澆水或者灌溉的時候，先行混合在灌溉水中，這樣可以讓植物根部全面地接觸到肥料，通過根的呼吸作物把化學營養元素運輸到植株的各個組織中。

3、 葉面施肥

把水溶性肥料先行稀釋溶解于水中進行葉面噴施，或者與非堿性農藥（常用大部分農藥都是非堿性的）一起溶于水中進行葉面噴施，通過葉面氣孔進入植株內部。對于一些幼嫩的植物或者根系不太好的作物出現缺素癥狀時是一個最 佳糾正缺素癥的選擇，極大地提高了肥料吸收利用效率，節約地植物營養元素在植物內部的運輸過程。